Trilha do Pico do Baepi
De grande dificuldade, esta trilha pode ser percorrida em 4 horas de caminhada até atingir-se os 1058 metros de altitude, de onde pode se avistar a panorâmica da cadeia de montanhas da Ilha, o canal de São Sebastião e boa parte da Serra do Mar. Exige-se um guia com experiência e conhecimento da região para ser bem sucedido na escalada do Pico.

Trilha da Água Branca
Localizada no início da estrada de Castelhanos esta trilha é de fácil acesso, bem demarcada e possui uma guarita no início dos limites do Parque Estadual de Ilhabela. Três caminhos conduzem a várias cachoeiras de águas cristalinas, com piscinas e duchas e área de piquenique.
Trilha da Cachoeira da Lage Preta

Conhecida também por Véu da Noiva e Laje Preta esta cachoeira fica a leste da Ilha, em Castelhanos. Por ser de difícil acesso apenas um guia ou morador local com prática em ir até o final da cachoeira. a caminhada dura cerca de 2 horas.

Trilha do Estevão
Sai da metade do caminho que leva a Castelhanos e atinge a comunidade isolada do Bonete. Está fora de uso há muitos anos e é evitada até mesmo por quem anda constantemente na mata.
Trilha do Pico de São Sebastião

Localizada ao sul da ilha esta trilha conduz ao ponto mais alto do arquipélago, atingindo 1379 metros. Várias trilhas de caçadores tornam o caminho muito difícil. Apenas guias experientes percorrem esta parte da ilha. Uma pedra em forma de papagaio justifica seu nome.

Trilha da cachoeira dos Três Tombos
De fácil acesso, se constitue em uma trilha com extensão de menos de 500 metros, na entrada do bairro da Feiticeira. Pode-se visitar as três quedas da cachoeira local.

Trilhas das Cachoeiras do Couro do Boi e Friagem
Localizada ao norte a partir da praia do Viana uma trilha se bifurca conduzindo ás cachoeiras do Couro do Boi e da Friagem. Estas ficam a 3 horas de caminhada, mas precisam de um guia experiente para serem alcançadas.
Trilha da Toca das Furnas
No bairro do mesmo nome algumas cavernas naturais constituem a Toca das Furnas. É necessário guia para encontrá-las.

Trilha da Cachoeira da Laje
Seguindo ao sul, até onde a estrada alcançar, a cachoeira da Laje vai ficando próxima de uma trilha. Cerca de uma hora de caminhada depois do estacionamento da Ponta da Sepituba, pela mesma trilha que leva ao Bonete, chega-se ao local. Uma grande piscina e tobogãs naturais na pedra são encantos naturais.

Trilha do Poço
Fica no final da estrada ao norte da ilha. Após a praia do Jabaquara, seguindo por 4 horas em uma trilha próxima à costeira atinge-se a praia do Poço, onde uma cascata despenca nas areias, formando uma piscina de água doce.